Ortadoğu'da özellikle Protestan kilise­ler yoğun bir misyonerlik faaliyeti göster­miştir. İngiltere merkezli Anglikanlar'a, Amerika Birleşik Devletleri merkezli Kon­gregasyoneller ve Presbiteryenler'e za­manla Amerika Birleşik Devletleri kökenli Reform Presbiteryenleri, Adventistler vb. diğer gruplarla Almanya, İskoçya, İsveç ve daha birçok Avrupa ülkesinden gelen çe­şitli gruplar eklenmiştir. Bunların çalış­maları sonucunda kısa zamanda Ortado­ğu'daki yerleşim merkezlerinde -Kudüs'te olduğu gibi dil veya milliyet ayırımına dayalı yeni kiliseler te­şekkül etmiştir.

Misyoner teşkilâtlan, önceleri İslâm ül­kelerinde temel hedef olarak müslüman çoğunluk da dahil buradaki bütün halk­ları almışlardır. Ancak müslümanlar üze­rine yapılan ve yapılması planlanan çalış­maların gerek müslüman halk gerekse mahallî idareciler tarafından ciddi bir iti­razla karşılanması misyonerlerin çalışma­larını Ermeniler, Süryânîler, Ortodokslar, Nestûrîler, Kiptiler gibi yöredeki azınlık­lar ve özellikle Doğu kiliseleri mensupları üzerinde yoğunlaştırmalarına sebep ol­muştur. Bu arada bilhassa Filistin'deki ya-hudilerle ilgili bazı çalışmalar da yapılmış, ancak ciddi bir başarı sağlanamamıştır. Misyonerlerin çalışmalarında daha çok aç­tıkları eğitim kurumlan etkili olmuş, Or­tadoğu genelinde binlerce eğitim kuru­munda yöredeki insanlar, Protestan veya Katolikler eğitimden geçirilmiş, böylece yöre hıristiyanlannın Protestan ya da Ka­tolik kiliseye bağlanması sağlanmıştır. Bu eğitim kurumlarının bir diğer işlevi de Os­manlı idaresi altında bulunan bölgelerde yaşayan gayri müslim halk arasında Ame­rikan, İngiliz ve diğer Batı ülkelerinin si­yasal amaçlarına paralel biçimde etnik-ayırımcı bir anlayışın oluşup gelişmesini sağlamak olmuştur. Nitekim Anadolu'nun her tarafında açılan misyoner teşkilâtı destekli yüzlerce kolejde Ermeniler. Or­todoks Rumlar ve Süryânîler gibi gruplar Örgütlenmeye çalışmıştır. Bu çalışmalar özellikle Ermeni. Rum ve Bulgar milliyet­çiliğinin teşekkülünde etkili olmuştur. Bu arada misyonerler Arap milliyetçiliğinin gelişmesine de büyük katkıda bulunmuş­tur. XX.yüzyıl başların­da sadece Amerikan misyoner teşkilâtla­rına bağlı olarak Anadolu'da faaliyet gös­teren okul sayısı 400'ü aşmaktadır. 1914'te yalnızca Os­manlı Devleti'nin kuzeydeki bölgelerin­de yer alan misyoner okullarında yakla­şık 25.000 öğrenci eğitim görmekteydi.

İslâm ülkelerinde çalışmalarda bulunan misyonerlerin, azınlıkları Protestan veya Katolik öğretilere çekme ve onlar arasın­da etnik bilincin uyanmasını sağlama ça­balarını İslâm ülkelerindeki müslüman halkı hıristiyanlaştırma faaliyetleri İzledi. Müslüman ülkelerin sömürgecilere karşı verdikleri bağımsızlık mücadeleleri esna­sında müslüman halk taraf ından sömür­geci amaçlarla özdeşleştirilen ve etnik ayırımcı hareketlerin kışkırtıcısı olarak değerlendirilen misyonerler İslâm ülke­lerindeki faaliyetlerine büyük ölçüde ara vermek durumunda kaldılar. Ancak ba­ğımsızlık mücadelesini kazanan müslü­man milletlerin kültürel ve teknolojik ilerleme için Batıya yönelmeleri ve bu bağ­lamda dışa açılma politikaları misyoner­lere yeni imkânlar sağladı. Kapanan mis­yoner okulları tekrar açılmaya, misyoner-lerce organize edilip yönetilen sağlık ve sosyal yardım kuruluşları yeniden çalış­maya başladı; misyonerler değişen şart­lara ve yeni duruma göre yeni birtakım yöntemler geliştirdiler.

Bölgeden bölgeye yahut milletten mil­lete farklı tutum ve tavırlar uygulamış olsalar da misyonerlerin müslümanlara yönelik son iki yüzyıllık çalışmalarında, Hı­ristiyanlığın anlatılması yanında müslümanlarda İslâmî inanç ve değerlerle İlgili çeşitli kuşkular uyandırmak suretiyle on­ları kendi kimlik ve değerlerine yabancı­laştırmaya yönelik çalışmalar da dikkati çeker. Başta Gottlieb Pfander ve Samuel M. Zwemer olmak üzere çeşitli misyonerlerce İslâm'ı hedef alan ve Arapça, Farsça, Türkçe gibi yerel dillere de çevrilerek ya­yımlanan yoğun eleştiri içerikli yayınlar bu amaca yöneliktir. Bunlardan XIX. yüz­yılda Pfander'in başta Mîzânü'l-hak ol­mak üzere yazmış olduğu bir dizi İslâm karşıtı polemik kitapları misyonerlerce çeşitli dillere çevrilip İslâm ülkelerinde kullanılmıştır. Pfander'in İslâm ve Hz. Muhammed hakkında birçok şüpheyi işleyen Mîzânü'l-hak başlıklı eserine Rahme-tullah el-Hindî İzhârü'l-hak adlı hacimli eseriyle cevap vermiştir. XX. yüzyılın ilk yarısında şiddetli bir İslâm düşmanı ola­rak çalışmalar yürüten ve İslâm'ı "ölmek üzere olan bir din" şeklinde değerlendiren Zwemer ise The Moslem WorSd başlıklı derginin editörlüğünü yapmış, ayrıca İs­lâm'a yönelik çeşitli kitaplar yayımlamış­tır.

TDV İslâm Ansiklopedisi