Patogenez bir hastalığın kaynağı ve gelişmesi sırasında organizmada vuku bulan değişiklikler bütünü. Hastalık anlamındaki pato ve gelişmek/oluşmak manasına gelen genesis kelimelerinin birleşiminden oluşmaktadır.
Başka bir ifade ile; kimyasal, fiziksel veya mikrobiyolojik ajanların sebep olduğu, hücrelerin fonksiyon ve/veya yapısındaki bir dizi değişikliğin sonucunda hastalık gelişmesi sırasındaki tüm sürece patogenez denir.